Add configuration files and improve project structure

- Introduced .codecov.yml for coverage reporting configuration.
- Updated .gitignore to include serena cache and prompt.md.
- Added Dockerfile for containerized deployment.
- Created LICENSE file with MIT License.
- Enhanced Makefile with new install-pre-commit target and improved coverage command.
- Updated pyproject.toml to specify development dependencies.
- Added README sections for installation and usage via Smithery.
- Created .serena configuration and memory files for project management.
- Added additional tests for ProcessManager and ShellExecutor to improve coverage.

Author: tumf

.codecov.yml

@@ -0,0 +1,8 @@
+coverage:
+  status:
+    project:
+      default:
+        target: 70%
+    patch:
+      default:
+        target: 70%

.githooks/pre-commit

@@ -0,0 +1,30 @@
+#!/bin/sh
+set -e
+
+echo "[pre-commit] Running checks (prefer uv)..."
+if command -v uv >/dev/null 2>&1; then
+  echo "[pre-commit] using uv to run make check"
+  uv run make check || { echo "[pre-commit] uv run make check failed"; exit 1; }
+else
+  echo "[pre-commit] uv not found; falling back to make check"
+  if command -v make >/dev/null 2>&1; then
+    make check || { echo "[pre-commit] make check failed"; exit 1; }
+  else
+    echo "[pre-commit] neither uv nor make available to run checks"; exit 1
+  fi
+fi
+
+echo "[pre-commit] Running coverage (prefer uv)..."
+if command -v uv >/dev/null 2>&1; then
+  echo "[pre-commit] using uv to run make coverage"
+  uv run make coverage || { echo "[pre-commit] uv run make coverage failed"; exit 1; }
+else
+  echo "[pre-commit] uv not found; falling back to make coverage"
+  if command -v make >/dev/null 2>&1; then
+    make coverage || { echo "[pre-commit] make coverage failed"; exit 1; }
+  else
+    echo "[pre-commit] neither uv nor make available to run coverage"; exit 1
+  fi
+fi
+
+exit 0

.github/workflows/publish.yml

@@ -13,7 +13,7 @@ jobs:
         python-version: ["3.11"]
 
     steps:
-      - uses: actions/checkout@v4
+      - uses: actions/checkout@v5
 
       - name: Set up Python ${{ matrix.python-version }}
         uses: actions/setup-python@v5
@@ -42,7 +42,7 @@ jobs:
       id-token: write
 
     steps:
-      - uses: actions/checkout@v4
+      - uses: actions/checkout@v5
 
       - name: Update version from tag
         run: |
@@ -69,4 +69,3 @@ jobs:
         uses: pypa/gh-action-pypi-publish@release/v1
         with:
           password: ${{ secrets.PYPI_TOKEN }}
-          password: ${{ secrets.PYPI_TOKEN }}

.github/workflows/test.yml

@@ -14,7 +14,7 @@ jobs:
         python-version: ["3.11"]
 
     steps:
-      - uses: actions/checkout@v4
+      - uses: actions/checkout@v5
 
       - name: Set up Python ${{ matrix.python-version }}
         uses: actions/setup-python@v5

.gitignore

@@ -77,4 +77,6 @@ share/python-wheels/
 *.egg
 MANIFEST
 
-prompt.md
+prompt.md
+# Ignore serena cache
+.serena/cache/

.serena/.gitignore

@@ -0,0 +1 @@
+/cache

.serena/memories/code_style_conventions.md

@@ -0,0 +1,33 @@
+# コードスタイル・規約
+
+## フォーマット
+- **black**: 88文字行長、Python 3.11対応
+- **isort**: blackプロファイル、88文字行長
+
+## リンター設定（ruff）
+- **有効ルール**: 
+  - E（pycodestyle エラー）
+  - F（pyflakes）  
+  - W（pycodestyle 警告）
+  - I（isort）
+  - C（comprehensions）
+  - B（bugbear）
+- **無効ルール**:
+  - E501（行長制限 - blackで処理）
+  - B008（引数デフォルトでの関数呼び出し）
+  - C901（複雑さ制限）
+
+## 型ヒント
+- mypy による型チェック必須
+- src/ および tests/ ディレクトリ対象
+
+## ドキュメント
+- 関数・クラスに詳細docstring
+- Google/Numpyスタイルのdocstring
+- 型情報とRaises情報を含む
+
+## 命名規則
+- クラス名: PascalCase（例：ExecuteToolHandler）
+- 関数・変数名: snake_case（例：validate_directory）
+- 定数: UPPER_SNAKE_CASE（例：ALLOW_COMMANDS）
+- プライベート: アンダースコア接頭辞（例：_processes）

.serena/memories/codebase_structure.md

@@ -0,0 +1,40 @@
+# コードベース構造
+
+## ディレクトリ構成
+```
+mcp-shell-server/
+├── src/mcp_shell_server/     # メインソースコード
+├── tests/                    # テストファイル
+├── .github/                  # GitHub Actions設定
+├── .serena/                  # Serena MCP設定
+└── [設定ファイル群]
+```
+
+## メインモジュール構成
+```
+src/mcp_shell_server/
+├── __init__.py              # パッケージエントリポイント
+├── version.py               # バージョン情報
+├── server.py               # MCPサーバーメイン実装
+├── shell_executor.py       # シェルコマンド実行エンジン
+├── command_validator.py    # コマンド検証ロジック
+├── command_preprocessor.py # コマンド前処理
+├── process_manager.py      # プロセス管理
+├── io_redirection_handler.py # I/Oリダイレクト処理
+└── directory_manager.py    # ディレクトリ管理
+```
+
+## テスト構成
+- **19個のテストファイル** で包括的テストカバレッジ
+- 機能別テスト（validator, executor, server等）
+- エラーケース・エッジケース専用テスト  
+- macOS固有テスト
+- パイプライン・リダイレクション専用テスト
+
+## 主要クラス・モジュール
+- **ExecuteToolHandler**: MCPツール実行ハンドラー
+- **CommandValidator**: セキュリティ検証
+- **ShellExecutor**: コマンド実行エンジン
+- **ProcessManager**: プロセス生成・管理
+- **IORedirectionHandler**: I/Oリダイレクト
+- **DirectoryManager**: ディレクトリ検証

.serena/memories/project_purpose.md

@@ -0,0 +1,17 @@
+# MCP Shell Server - プロジェクト概要
+
+## 目的
+Model Context Protocol (MCP) を実装したセキュアなシェルコマンド実行サーバー。
+リモートからホワイトリストされたシェルコマンドの実行を標準入力サポート付きで提供。
+
+## 主な機能
+- **セキュアコマンド実行**: ホワイトリストされたコマンドのみ実行可能
+- **標準入力サポート**: コマンドへの入力データ送信
+- **包括的出力**: stdout、stderr、終了ステータス、実行時間を返却
+- **シェル演算子安全性**: セミコロン、&&、||、| 後のコマンド検証
+- **タイムアウト制御**: コマンドの最大実行時間設定
+
+## 対象ユーザー
+- Claude Desktop等のMCPクライアントの開発者
+- セキュアなリモートシェル実行が必要なシステム管理者
+- MCP プロトコルを利用したツール開発者

.serena/memories/session_checkpoint_2025_09_06.md

@@ -0,0 +1,37 @@
+# Session Checkpoint - 2025-09-06
+
+## Session Context
+- **Command**: `/sc:save --type "session" --checkpoint --summarize`
+- **Date**: September 6, 2025
+- **Workspace**: /workspace/mcp-shell-server
+- **Git Status**: main branch, clean working tree
+
+## Session Activity Summary
+- Session initiated with `/sc:save` command for context persistence
+- Analyzed existing project memories: tech_stack, codebase_structure, project_purpose, code_style_conventions, suggested_commands, task_completion_checklist
+- No active coding tasks or modifications were performed in this session
+- Focus was on session management and context preservation
+
+## Current State
+- **Working Directory**: /workspace/mcp-shell-server
+- **Git Repository**: Yes, on main branch
+- **Platform**: Linux 6.11.0-29-generic
+- **Environment**: Ubuntu user (uid:1000, gid:1000) with sudo access
+
+## Available Memories
+1. `tech_stack` - Technology stack information
+2. `codebase_structure` - Project structure and organization
+3. `project_purpose` - Project goals and objectives
+4. `code_style_conventions` - Coding standards and patterns
+5. `suggested_commands` - Recommended development commands
+6. `task_completion_checklist` - Quality assurance guidelines
+
+## Session Status
+- **Completion**: Session save operation in progress
+- **Next Actions**: Session context preserved for future continuation
+- **Recovery Point**: Full project context available for restoration
+
+## Serena MCP Integration
+- Memory system functional and responsive
+- Cross-session persistence enabled
+- Project context preservation successful